南通废旧物资回收主要面临以下4大税收瓶颈：
1、回收企业难以取得增值税进项抵扣，导致其税负过重。
废旧物资回收经营企业的原料来源主要包括两大方面：一是从众多的个体户手中收购废旧物资，这种回收方式约占回收总量的80%以上，这些个体人员不愿开具增值税发票，即使开具也仅能适用3%的征收率，导致回收企业进项抵扣严重不足。二是从产废企业购买废旧物资，此种收购比例偏小，回收企业的进项抵扣依然存在巨大缺口。2008年增值税优惠政策取消后，回收企业向生产企业销售物资时，几乎是按照销售额全额缴纳17%的增值税，加上地方附加税费，回收企业的税负远高于一般行业企业水平，企业的利润空间大大压缩，多数企业的回收业务出现亏损。
2、回收企业虚设交易环节，虚开发票。
由于进项税额抵扣不足，导致废旧物资回收经营企业的增值税税负较高，部分企业甚至采取了“买票”等违法行为，通过虚设交易环节，向开票方支付开票费用获取增值税专用发票以抵扣进项，但货物实际并不存在。这种“票货分离”的业务模式已经成为税务机关查处涉税违法行为的重点。
3、上下游企业涉嫌“虚开”，企业无法隔离违法风险。
由于增值税存在于生产、销售的各个环节，上游企业是否合法合规的开具增值税专用发票、是否按期、足额缴纳增值税税款直接影响到下游企业能否正常申报抵扣增值税进项税额及其抵扣行为是否会造成国家增值税损失。在虚开案件中，有相当部分案件是由于上游企业出现虚开问题进而牵连到下游企业，轻者暂停发票、接受税务检查，影响企业的持续经营；重者可能移交公安机关以虚开发票刑事案件立案侦查。无论以上何种情形都将对企业的健康发展产生不良影响。
4、加工环节税收优惠难以传导到回收环节的正规企业，导致“劣币驱逐良币”。
目前，再生资源行业税收优惠政策仅针对生产加工环节，政策设计的初衷是依靠加工环节的税收优惠传导到回收环节的正规企业。但是，由于回收环节存在众多个体人员，这些个体人员不用缴纳税收，回收成本更低，他们抬高价格从产废者手中收购废旧物资，形成了“无票价”和 “带票价”两种价格体系，导致正规回收企业生存空间受到挤压，不少企业纷纷停产或转行。
